分類(lèi)單元（taxon,復(fù)數(shù)taxa)是指具體的分類(lèi)群，如原核生物界(Procaryotae)、腸桿菌科（Enterobacteriaceae)枯草芽孢桿菌（Bacillus subtilis)等都分別代表一個(gè)分類(lèi)單元。

和其他生物分類(lèi)一樣，細(xì)菌的分類(lèi)單元也分為七個(gè)基本的分類(lèi)等級(jí)（rank或category)或分類(lèi)階元，由上而下依次是：界、門(mén)、綱、目、科、屬、種。在分類(lèi)中，若這些分類(lèi)單元的等級(jí)不足以反映某些分類(lèi)單元之間的差異時(shí)也可以增加亞等級(jí)，即亞界、亞門(mén)……亞種，在細(xì)菌分類(lèi)中還可以在科（或亞科）和屬之間增加族和亞族等級(jí)。值得強(qiáng)調(diào)的是，分類(lèi)單元的的 等級(jí)（階元）只是分類(lèi)單元水平的概括，它并不代表具體的分類(lèi)單元。 除上述國(guó)際公認(rèn)的分類(lèi)單元的等級(jí)外，在細(xì)菌分類(lèi)中，還常常使用非正式的類(lèi)群術(shù)語(yǔ)。如亞種以下常用培養(yǎng)物、菌株、居群和型；種以上常用群、組、系等類(lèi)群名稱(chēng)；近年伍斯還在界上使用域（domain)（他把全部生物分為古生菌域、細(xì)菌域和真核生物域，域下面再分界）把域作為分類(lèi)單元的最高級(jí)。下面簡(jiǎn)要介紹一些常用的類(lèi)群術(shù)語(yǔ)。

培養(yǎng)物（culture)，是指一定時(shí)間一定空間內(nèi)微生物的細(xì)胞群或生長(zhǎng)物。如微生物的斜面培養(yǎng)物、搖瓶培養(yǎng)物等。如果某一培養(yǎng)物是由單一微生物細(xì)胞繁殖產(chǎn)生的，就稱(chēng)之為該微生物的純培養(yǎng)物（pure culture)。

菌株（strain)，從自然界分離得到的任何一種微生物的純培養(yǎng)物都可以稱(chēng)為微生物的一個(gè)菌株；用實(shí)驗(yàn)方法（如通過(guò)誘變）所獲得的某一菌株的變異型，也可以稱(chēng)為一個(gè)新的菌株，以便與原來(lái)的菌株相區(qū)別。菌株是微生物分類(lèi)和研究工作中最基礎(chǔ)的操作實(shí)體。由于同種或同一亞種的不同菌株之間，某些生物學(xué)特征可能存在一定差異，就某些非鑒別性特征（不是定種或界定亞種的特征）而言，不同菌株可能存在重要差別。因此在實(shí)際工作中，除了注意菌株的種名外，還要注意菌株的名稱(chēng)。菌株名稱(chēng)常用數(shù)字編號(hào)、字母、人名、地名等表示。如枯草桿菌ASI.398(Bacillus subtilis ASI.398)和枯草桿菌BF7658(Bacillus subtilis BF7658)分別代表枯草桿菌的兩個(gè)菌株（ASI.398和BF7658分別為菌株的編號(hào)），這兩個(gè)菌株，前者可用于生產(chǎn)蛋白酶，后者則可用于生產(chǎn)淀粉酶。

居群（population)，population一詞也有人譯為群體、種群或群叢等，是指一定空間中同種個(gè)體的組合。每一個(gè)物種在自然界中的存在，都有一定的空間結(jié)構(gòu)，在其分散的、不連續(xù)的居住場(chǎng)所或分布區(qū)域內(nèi)，形成不同的群體單元，這些群體單元就稱(chēng)居群。

型（form或type)，常指亞種以下的細(xì)分，當(dāng)同種或同亞種不同菌株之間的性狀差異，不足以分為心的亞種時(shí)，可以細(xì)分為不同的型。例如，按抗原特征的差異分為不同的血清型；按對(duì)噬菌體裂解反應(yīng)的不同分為不同的噬菌型等等。由于type一詞既代表型又可代表模式，為避免混淆，現(xiàn)在對(duì)表示型的詞作了修改，用-var代替-type。

上述亞種以下類(lèi)群名稱(chēng)，雖然是非法定的，但卻是普遍使用的習(xí)慣用語(yǔ)，其含義相對(duì)而言較明確。在細(xì)菌分類(lèi)中還常用群（group)、組（section)、系（series)等，這些類(lèi)群名稱(chēng)用在不同場(chǎng)合，常常有非常不同的含義，可以是種水平上的類(lèi)群，也可以代表屬以上的分類(lèi)單元的集合。如《伯杰氏系統(tǒng)細(xì)菌手冊(cè)》第一版中，主要根據(jù)表型特征將全部原核生物分為33組。將假單胞菌屬（Pseudomonas)內(nèi)的90個(gè)種分為5組。因此，在閱讀文獻(xiàn)時(shí)應(yīng)注意區(qū)別。下面分別介紹亞種以上等級(jí)正式分類(lèi)的含義。

常用型的屬術(shù)語(yǔ)及其含義

生物型 biovar biotype 特殊的生理生化性狀

血清型 serovar serotype 不同的抗原特征

致病型 pathovar pathotype 對(duì)宿主致病性的差異

噬菌型 phagovar phagotype lysotype 對(duì)噬菌體溶解反應(yīng)的差異

形態(tài)型 morphovar morphotype 特殊的形態(tài)學(xué)特征

種（species)，是生物分類(lèi)中基本的分類(lèi)單元和分類(lèi)等級(jí)。作為分類(lèi)單元的等級(jí)，種的地位低于屬而高于亞種這是十分明確的。種作為分類(lèi)單元，它指的是“物種”，而物種概念目前還是生物學(xué)中尚未完全解決的問(wèn)題。在高等生物中，物種通常被看作是彼此雜交能繁殖的自然群體，這個(gè)群體與其它群體在生殖上是隔離的。在這里，“生殖隔離”被看作是區(qū)分物種的標(biāo)準(zhǔn)。由于原核生物缺乏嚴(yán)格意義的有性雜交，盡管也有人根據(jù)能否通過(guò)轉(zhuǎn)導(dǎo)、轉(zhuǎn)化、接合等途徑進(jìn)行基因物質(zhì)交換來(lái)定種〔稱(chēng)之為基因種（genospecies)〕但因涉及基因交換機(jī)制的各中障礙，僅根據(jù)這個(gè)標(biāo)準(zhǔn)定種存在許多問(wèn)題；目前還可根據(jù)基因序列資料來(lái)分種，如把DNA雜交同源性在60%～70%以上，或者16SrRNA序列同源性達(dá)97%以上的菌株定為一個(gè)種。這一定種標(biāo)準(zhǔn)雖有其科學(xué)性，但在微生物分類(lèi)中，目前尚難以普遍采用。實(shí)際上，目前微生物分類(lèi)中已經(jīng)描述的種仍主要是根據(jù)各種特征（其中主要是表型特征）綜合分析劃分的因此微生物的種可以看作是：具有高度特征相似性的菌株群，這個(gè)菌株群與其它類(lèi)群的菌株有很明顯的區(qū)別。正式由于微生物種的劃分缺乏統(tǒng)一的客觀的標(biāo)準(zhǔn)，分類(lèi)學(xué)上已經(jīng)描述的種潛在著不穩(wěn)定性，有的種可能會(huì)隨著認(rèn)識(shí)的深入分種依據(jù)的變化而進(jìn)行必要的調(diào)整。

亞種（subspecies)或變種（vzriety)，當(dāng)某一個(gè)種內(nèi)的不同菌株存在少數(shù)明顯而穩(wěn)定的變異特征或遺傳性而又不足以區(qū)分成新種時(shí)，可以將這些菌株細(xì)分成兩個(gè)或更多的小的分類(lèi)單元—亞種。亞種是正式分類(lèi)單元中地位最低的分類(lèi)等級(jí)。變種是亞種的同義詞。在《國(guó)際細(xì)菌命名法規(guī)》（1976年修訂本）發(fā)表以前，變種是種的亞等級(jí)，因“變種”一詞易引起詞義上的混淆，1976年后，細(xì)菌中的亞等級(jí)一律采用亞種，而不再使用變種。

屬（genus)是介于種（或亞種）與科之間分類(lèi)等級(jí)，也是生物分類(lèi)中的基本分類(lèi)單元。通常是把具有某些共同特征或密切相關(guān)的種歸為一個(gè)高一級(jí)的分類(lèi)單元，稱(chēng)之屬。在系統(tǒng)分類(lèi)中，任何一個(gè)已命名的種都?xì)w屬于某一個(gè)屬。當(dāng)某一個(gè)種與其他相關(guān)屬的種具有重要的區(qū)別時(shí)，也可以鑒定為只有一個(gè)種的屬。就一般而言，微生物屬間的差異比較明顯，但屬的劃分也沒(méi)有客觀標(biāo)準(zhǔn)。因此，屬水平上的的分類(lèi)也會(huì)隨著分類(lèi)學(xué)的發(fā)展而變化，屬內(nèi)所含種的數(shù)目也會(huì)由于新種的發(fā)現(xiàn)或種的分類(lèi)地位的改變而變化。 屬以上等級(jí)分類(lèi)單元。像屬的劃分一樣，系統(tǒng)分類(lèi)中，把具有某些共同特征或相關(guān)的屬歸為更高一級(jí)的分類(lèi)單元稱(chēng)為科；再把科歸為目，……余此類(lèi)推。值得提出的是：在一個(gè)完整的分類(lèi)系統(tǒng)中，每一個(gè)已命名的種都應(yīng)該歸屬到某一個(gè)屬、科、目、綱、門(mén)、界中，但實(shí)際上，許多細(xì)菌類(lèi)群其科、目等級(jí)的分類(lèi)學(xué)關(guān)系還不明確，所以有相當(dāng)一部分細(xì)菌的屬未能歸入相應(yīng)的科目中。至于綱、門(mén)、界、的劃分，目前也主要出在積累資料的研究探討階段，所以細(xì)菌（原核生物）的分類(lèi)迄今未能建立一個(gè)完整的分類(lèi)系統(tǒng)，以使各個(gè)分類(lèi)等級(jí)水平上都有明確的分類(lèi)位置。

二、分類(lèi)單元的命名

生物名稱(chēng)分兩類(lèi)，一類(lèi)是區(qū)域性的俗名（vernacular name）；另一類(lèi)是國(guó)際上統(tǒng)一使用的名稱(chēng)，即學(xué)名（scientific name）。

俗名是一個(gè)國(guó)家或地區(qū)使用的普通名稱(chēng)，如我們把引起人結(jié)核病的細(xì)菌叫“結(jié)核桿菌”，而英語(yǔ)稱(chēng)“tubercle bacillus”，而俄語(yǔ)則稱(chēng)“tyбepkyлёзная палочка”。俗名的優(yōu)點(diǎn)是在一定的區(qū)域內(nèi)通俗易懂便于記憶，但俗名有局限性，尤其是不便于國(guó)際間的交流。所以為了使生物分類(lèi)單元的名稱(chēng)能在國(guó)際上通用，就需要制定一個(gè)為各國(guó)生物學(xué)工作者共同遵守的命名法則，即國(guó)際生物命名法規(guī)，來(lái)管理生物分類(lèi)單元的命名，以確保生物名稱(chēng)的統(tǒng)一性、科學(xué)性和實(shí)用性。

1.分類(lèi)單元的命名 

所有正式分類(lèi)單元（包括亞種和亞種以上等級(jí)的分類(lèi)單元）的學(xué)名，必須用拉丁詞或其他詞源經(jīng)拉丁化的詞名。 

⑴ 屬名 屬名用一個(gè)單數(shù)主格名詞或當(dāng)作名詞用的形容詞來(lái)表示，可以是陽(yáng)性、陰性或中性，首字母要大寫(xiě)。例如，Bacillus（芽孢桿菌屬）（陽(yáng)性），拉丁詞，原意為“小桿菌”因該屬菌有芽孢而譯為?把挎吒聳艟?�；Clostridium（梭菌屬）（中性），源于希臘詞，原意為“紡錘狀菌”；Salmonella（沙門(mén)氏菌屬）（陰性），以美國(guó)細(xì)菌學(xué)家D.E.Salmon的姓氏命名。 

⑵ 種名 和其他生物一樣，細(xì)菌的種名也用雙名法（binomial nomenclature）命名，即種的學(xué)名由屬名和種名加詞兩部分組合而成。第一個(gè)次為屬名，首字母要大寫(xiě)；第二個(gè)詞為種名加詞，常用形容詞（要與屬名性別一致），也可以用人名、地名、病名或其他名詞（名詞用主格或所屬格形式），種名加詞首字母不大寫(xiě)。例如，Pseudomonas aeruginosa（銅綠色假單胞菌），其中，Pseudomons是屬名（假單胞菌屬）（陰性）；aeruginosa是種名加詞，是拉丁語(yǔ)形容詞（陰性），原意為“銅綠色的”；Mycobacterium tuberculosis（結(jié)核分枝桿菌），其中 Mycobacterium是屬名（分枝桿菌屬）系希臘詞源的復(fù)合詞（中性），tuberculosis是種名加詞，是希臘詞和拉丁詞綴合成的名詞所屬格形式，意為“結(jié)核病的”；Bacillus thuringiensis（蘇云金芽孢桿菌），其中 thuringiensis是種名加詞，它是德國(guó)地名Thuringia的拉丁語(yǔ)所屬格形式。當(dāng)泛指某一屬細(xì)菌而不特指該屬中任何一個(gè)種（或未定種名）時(shí)，可在屬名后加sp.或spp.（某些微球菌）。

 ⑶ 亞種名 亞種名為三元式組合，即由屬名、種名加詞和亞種名加詞構(gòu)成。例如： Alcaligenes denitrificans subsp. xylosoxydans 屬名 種名加詞 subspecies 亞種名加詞 （產(chǎn)堿桿菌屬） （反硝化的） 的縮寫(xiě)（亞種） （氧化木糖的） 該亞種名可譯為:反硝化產(chǎn)堿桿菌氧化木糖亞種.

 ⑷ 屬級(jí)以上分類(lèi)單元的名稱(chēng) 亞科、科以上分類(lèi)單元的名稱(chēng)，是用拉丁或其他詞源拉丁化的陰性復(fù)數(shù)名詞（或當(dāng)作名詞用的形容詞）命名，首字母都要大寫(xiě)。其中細(xì)菌目、亞目、科、亞科、族和亞族等級(jí)的分類(lèi)單元名稱(chēng)都有固定的詞尾（后綴）。 此外，在分類(lèi)單元名稱(chēng)的后面還可以附上命名人的姓名和命名年號(hào)。例如Staphylococcus aureus Rosenbach 1884，這表明該菌（金黃色葡萄球菌）是由Rosenbach 1884年命名的。 屬、種和亞種等級(jí)的分類(lèi)單元的學(xué)名在正式出版物中應(yīng)用斜體字印刷，以便識(shí)別。

2. 命名模式及其指定 

如前所述，由于細(xì)菌分類(lèi)單元的劃分缺乏一個(gè)易于操作的統(tǒng)一標(biāo)準(zhǔn)，為了減少因采用不同標(biāo)準(zhǔn)界定分類(lèi)單元所造成的混亂， 細(xì)菌系統(tǒng)分類(lèi)也像其他生物分類(lèi)一樣采用“模式概念”。即根據(jù)命名法規(guī)要求，正式命名的分類(lèi)單元應(yīng)指定一個(gè)命名模式（簡(jiǎn)稱(chēng)模式）作為該分類(lèi)單元命名的依據(jù)。種和亞種指定模式菌株（type strain）；亞屬和屬指定模式種（type species）；屬以上至目級(jí)分類(lèi)單元指定模式屬（type genus）。因此，當(dāng)某一菌株被鑒定為一個(gè)新種或新的亞種時(shí)，該菌株就應(yīng)指定為該種或該亞種的模式菌株；如果有幾個(gè)菌株同時(shí)被鑒定為一個(gè)新種或亞種，則必須指定一個(gè)較有代表性的菌株作為該種或亞種的模式菌株。模式菌株應(yīng)送交菌種保藏機(jī)構(gòu)保藏，以便備查考和索取。模式種和模式屬的確定也大體如此。

3. 新名稱(chēng)的發(fā)表 

根據(jù)細(xì)菌命名法規(guī)的規(guī)定，有效發(fā)表新的細(xì)菌名稱(chēng)應(yīng)在公開(kāi)發(fā)行的刊物上進(jìn)行，在菌種目錄、會(huì)議記錄、會(huì)議論文摘要的均不能視為有效發(fā)表。此外，若新名稱(chēng)是在國(guó)際系統(tǒng)細(xì)菌學(xué)雜志（IJSB）以外的其他雜志上發(fā)表的，要取得國(guó)際上承認(rèn)和學(xué)名優(yōu)先權(quán)，還必須經(jīng)過(guò)新名稱(chēng)的合格化發(fā)表，即將有效發(fā)表的英文附本送交IJSB審查，被認(rèn)為合格后，在該雜志上定期公布，命名日期即從公布之日算起，否則不算合格發(fā)表，也不能取得國(guó)際上的承認(rèn)。發(fā)表新名稱(chēng)時(shí)，應(yīng)在新名稱(chēng)之后加上所屬新分類(lèi)等級(jí)的縮寫(xiě)詞，如新目“ord.nov.”、新屬“gen.nov.”、新種“sp.nov.”等。例如，Pyrococcus furiosus sp.nov.表明該菌（猛烈火球菌）是一個(gè)新發(fā)表的種。

三、細(xì)菌分類(lèi)和伯杰氏手冊(cè)

20世紀(jì)60年代以前，國(guó)際上不少細(xì)菌分類(lèi)學(xué)家都曾對(duì)細(xì)菌進(jìn)行過(guò)全面的分類(lèi)，提出過(guò)一些在當(dāng)代有影響的細(xì)菌分類(lèi)系統(tǒng)。但70年代以后，對(duì)細(xì)菌進(jìn)行全面分類(lèi)的、影響最大的是《伯杰氏手冊(cè)》。所以該書(shū)目前已成為對(duì)細(xì)菌進(jìn)行分類(lèi)鑒定的主要參考書(shū)。