依據目前實際應用情況可將指示菌分為兩種類型：

第一種類型的指示菌是為了評價被檢樣品的一般衛(wèi)生質量、污染程度以及安全性，最常用的是菌落總數、霉菌和酵母菌數。

第二種類型是特指糞便污染的指示菌，主要指大腸桿菌和大腸菌群，其它還有腸球菌、亞硫酸鹽還原梭菌等。它們的檢出標志著檢品受過人、畜糞便的污染，而且有腸道病原微生物存在的可能性。

菌落總數是指示性微生物指標，不是致病菌指標，反映食品在生產過程中的衛(wèi)生狀況。如果食品的菌落總數嚴重超標，將會破壞食品的營養(yǎng)成分，使食品失去食用價值；還會加速食品腐敗變質，可能危害人體健康。菌落總數超標的原因，可能是企業(yè)未按要求嚴格控制生產加工過程的衛(wèi)生條件，也可能與產品包裝密封不嚴或儲運條件不當等有關。 食品的菌落總數嚴重超標，說明其產品的衛(wèi)生狀況達不到基本的衛(wèi)生要求，菌落總數超標也意味著致病菌超標的機會增大，增加危害人體健康的幾率。消費者食用微生物超標嚴重的食品，很容易患痢疾等腸道疾病，危害人體健康安全。

大腸菌群是國內外通用的食品污染常用指示菌之一。食品中大腸菌群不合格，說明食品存在衛(wèi)生質量缺陷，提示該食品中存在被腸道致病菌污染的可能，對人體健康具有潛在危害，尤其對老人、小孩的危害更大。大腸菌群超標的原因，可能是包裝材料受污染，或在生產過程中產品受到人員、工具器具等生產設備、環(huán)境污染。

菌落總數和大腸菌群超標的食品，說明其衛(wèi)生狀況未達到基本衛(wèi)生要求，存在致病微生物污染的潛在風險。食品原料、生產加工環(huán)境或加工環(huán)節(jié)的不規(guī)范操作是導致微生物指標超標的主要原因。

如何理性看待食品中的“指示菌超標”呢？一是消費者要了解大腸菌群指標的實質性意義，它不會對健康造成直接的危害。二是要懂得經過適當的加熱或者是再加工，做到位了，即使菌落總數超標，也不會帶來大的風險。