15種蛋白質(zhì)單晶培養(yǎng)的方法:
(1)大量養(yǎng)晶法(bulk crystallization):若急著養(yǎng)出單晶,則將純化之蛋白質(zhì)溶液加入固體鹽類或飽和鹽液,直到溶液中出現(xiàn)乳白混濁色,離心后把上清液(suppernatant)放置數(shù)天至數(shù)周,有可能養(yǎng)出單晶。
(2)批次養(yǎng)晶法(batch method):若發(fā)現(xiàn)加入蛋白質(zhì)的沉淀劑和鹽類等化學(xué)藥品,在濃度C1產(chǎn)生沉淀,濃度Cn為液體,則在C1至Cn之間細(xì)分成一串濃度C1>C2>C3>….>Ci>Cn,(n-2)個(gè)小試管進(jìn)行養(yǎng)晶,可能結(jié)出單晶。此法之主要缺點(diǎn)在于蛋白質(zhì)的消耗量大。
(3)大量透析法(bulk dialysis):把蛋白質(zhì)溶液包在半透膜(membrane)內(nèi),浸入盛有化學(xué)藥品的器皿中,半透膜能讓小分子進(jìn)出,卻不會(huì)讓蛋白質(zhì)等大分子通過(guò),則器皿中沉淀劑、鹽類和有機(jī)溶液等化學(xué)藥品會(huì)穿過(guò)半透膜,與蛋白質(zhì)起作用,直到膜之內(nèi)外的濃度梯度(concentration gradient)降到零為止。此法的好處在于,器皿中化學(xué)藥品之濃度可作連續(xù)之調(diào)整,pH值的范圍也可探討。壞處是膜之內(nèi)外濃度差異減少時(shí),平衡速率也隨之降低。
(4)微量透析法(microdialysis):把半透膜的體積縮小,綁在比鈕扣略大的襯架上,架體之凹槽內(nèi)注入蛋白質(zhì)溶液,包覆半透膜的體架放入盛有化學(xué)藥品的器皿,其養(yǎng)晶原理與大量透析法相同,只是使用蛋白質(zhì)和化學(xué)藥品的量放得少。注意凹槽內(nèi)不得留有氣泡,否則膜外的化學(xué)藥品為氣泡所阻止而無(wú)法透過(guò)氣泡,滲入膜內(nèi)的蛋白質(zhì)溶液。
(5)連續(xù)萃。╯equential extraction):此法所根據(jù)的原理是亞可比(Jacoby)的實(shí)驗(yàn),他發(fā)現(xiàn)蛋白質(zhì)在硫酸銨溶液中溶解度隨溫度的提升而下降。在4℃以下取得上清液(supernatant),放在室溫長(zhǎng)晶。先將蛋白質(zhì)溶液加入固體硫酸銨或飽和硫酸銨液體,使蛋白質(zhì)溶液沉淀,離心除去上清液。接著保持4℃以下處理一系列的蛋白質(zhì)沉淀物。準(zhǔn)備數(shù)種依次遞降濃度的沉淀劑(通常為蒸餾水),濃度高的沉淀劑先加入上述蛋白質(zhì)沉淀物中,以玻棒攪拌并離心,取出上清液,放在室溫養(yǎng)晶,再把濃度次高的沉淀劑加入上次未完全溶解的蛋白質(zhì)沉淀物,攪拌離心,把上清液置于室溫養(yǎng)晶,依次類推,直到蛋白質(zhì)全部溶解為止。這樣每次取出的蛋白質(zhì)濃度依次遞減,溶液由低溫移至高溫,符合亞可比的準(zhǔn)則,可能養(yǎng)出蛋白質(zhì)單晶。
(6)自由接口間的擴(kuò)散法(free interface diffusion):若蛋白質(zhì)在不同的溶劑中具有不同的溶解度,則蛋白質(zhì)注入盛有沉淀劑試管的上方或下方(依密度而定,密度大者放在下方),在兩種溶液的交界面擴(kuò)散會(huì)有晶核長(zhǎng)出,裝置如圖7-10所示。
(7)凹盤(pán)或玻片上的蒸汽擴(kuò)散法(vapor diffusion on plates or slides)—座滴法:蛋白質(zhì)養(yǎng)晶的要領(lǐng)在于蛋白質(zhì)達(dá)成過(guò)飽和溶液,同時(shí)添加的化學(xué)藥物與蛋白質(zhì)起作用,協(xié)助晶核的形成。摻有化學(xué)藥品的蛋白質(zhì)溶液,其水分慢慢擴(kuò)散,達(dá)到過(guò)飽和溶液則有可能長(zhǎng)出單晶。若蛋白質(zhì)溶液暴露在空氣中,水分蒸發(fā)掉,則蛋白質(zhì)干涸,無(wú)法形成單晶,原因是蛋白質(zhì)單晶約略維持液態(tài)的結(jié)構(gòu),含有大量水分,水分與蛋白質(zhì)間形成許多氫鍵,水分蒸發(fā),蛋白質(zhì)也無(wú)以為系,因此必須保持水分,使蛋白質(zhì)溶液密閉在一個(gè)容器中。同時(shí)還得調(diào)節(jié)水分,所以必須置放兩種溶液,使蛋白質(zhì)溶液中的水分?jǐn)U散到另一種高濃度的溶液中,以達(dá)蛋白質(zhì)溶液的過(guò)飽和。通常選擇適當(dāng)?shù)柠}類和有機(jī)溶劑,調(diào)在等電點(diǎn)的pH值,形成沉淀劑,把粉晶蛋白質(zhì)泡成一定濃度,約在5~40mg/ml之間,在凹盤(pán)的下凹孔鍍硅,注入一些蛋白質(zhì)溶液和沉淀劑總共10~40 m l。在凹盤(pán)外方的塑料盒,倒入20~30ml的沉淀劑。在塑料的四周涂真空油膏(Vacuum grease),加以密封。通常這樣的塑料盒對(duì)于每種養(yǎng)晶條件制備兩盒,一盒放在4℃的低溫,另盒放在室溫,待其長(zhǎng)晶,快則一周,慢則數(shù)月,幸運(yùn)的話,可望長(zhǎng)出單晶。通常一次制備數(shù)拾條件,大量養(yǎng)晶。要鑒定長(zhǎng)出的單晶確實(shí)是蛋白質(zhì)而不是滴入的沉淀劑等化學(xué)藥品。若養(yǎng)出蛋白質(zhì)單晶太小,不足以供X光繞射實(shí)驗(yàn)使用,則可使用連續(xù)播種法把小晶粒養(yǎng)大:依照養(yǎng)出蛋白質(zhì)小單晶的條件,炮制母液(蛋白質(zhì)溶液配合沉淀劑),注入凹孔,外圍倒注沉淀劑,加以密封,等待約半天后,打開(kāi)封蓋,把以前所養(yǎng)的小晶粒稍加清洗后放入,企圖長(zhǎng)大,若長(zhǎng)出的晶體仍然不符X光使用,則把最后一次的晶體當(dāng)新晶種,再繼續(xù)播種,直到晶體夠大。此種養(yǎng)晶法的好處是:用量少,篩選多種條件相當(dāng)理想;易于修飾塑料盒內(nèi)沉淀劑的濃度。此種養(yǎng)晶法裝置,也可用具有凹槽的玻片來(lái)取代,在其一凹孔注入10m l的母液,另一凹孔注入20~40m l的沉淀劑,以小玻片密封,等待長(zhǎng)晶。
(8)懸滴液蒸汽擴(kuò)散法(vapor diffusion in hanging drops)—懸滴法: 它在原理上和座滴法相同,皆以蒸汽達(dá)到平衡,利用少量蛋白質(zhì)篩選多種養(yǎng)晶條件。此法用量比座滴液更少。在方形或圓形的玻片上鍍硅,滴入少于10m l的蛋白質(zhì)母液,在培養(yǎng)皿的每一凹槽中注入1 ml的沉淀劑,把方形玻片翻轉(zhuǎn),蓋在凹槽孔緣,加以密封,形成懸滴液,進(jìn)行擴(kuò)散,蛋白質(zhì)溶液達(dá)到過(guò)飽和,長(zhǎng)出單晶。
(9)液體橋連法(liquid bridge)如圖7-12(b)所示,一小滴母液和一滴沉淀液分別滴在玻璃片的兩靠近處,以細(xì)針引導(dǎo)細(xì)橋相接,把此載有液滴的玻片放在密封容器中,在細(xì)橋相連處可望長(zhǎng)出單晶。(10)濃度透析法(concentration dialysis):,離子強(qiáng)度弱,則蛋白質(zhì)溶解度低,易形成晶核,長(zhǎng)出單晶,可利用氮?dú)庠谘b有蛋白質(zhì)和鹽類的透析袋內(nèi)施壓,使鹽類穿透透析膜流出,降低袋內(nèi)鹽類濃度,使蛋白質(zhì)溶液在低離子強(qiáng)度下長(zhǎng)出單晶。
(11)pH引導(dǎo)長(zhǎng)晶法(crystallization induced by pH):蛋白質(zhì)的溶解度在等電點(diǎn)的pH值最低,是個(gè)良好的養(yǎng)晶條件。有些蛋白質(zhì)在不同的數(shù)個(gè)pH值,具有數(shù)個(gè)溶解度的極小,這些溶解度極小處可望長(zhǎng)晶。利用透析法改變透析膜外的pH值是個(gè)好辦法。也可在蒸汽擴(kuò)散法中,在外圍滴入揮發(fā)性酸或堿(如氨水或干冰等)來(lái)調(diào)節(jié)pH值。
(12)溫度長(zhǎng)晶法(temperature crystallization):蛋白質(zhì)溶解度為溫度的函數(shù),有些溶解度非常溫度敏感。通常溫度降低,分子排列較有秩序,引起能趨疲(熵)(entropy)的降低。由液體轉(zhuǎn)變到固體,其熵會(huì)降低,反之亦然。井然有序排列的分子易于長(zhǎng)晶。通常一種長(zhǎng)晶條件泡兩份,一份置于室溫,另一份放在4℃的冰箱。
(13)蒸發(fā)(evaporation):這是最原始的方法,為小分子的長(zhǎng)晶常用法,也是某些蛋白質(zhì)常用的養(yǎng)晶法。在蛋白質(zhì)不變性的條件下,慢慢讓母液蒸發(fā),使蛋白質(zhì)溶液達(dá)到過(guò)飽和,結(jié)出單晶。
(14)填加有效分子法(effector addition):與有效分子(effector)結(jié)合的蛋白質(zhì),其溶解度往往與無(wú)有效分子結(jié)合者差異大,可達(dá)到某些構(gòu)象(conformation)平衡狀態(tài)的存在,養(yǎng)出此種構(gòu)象單晶,通常的有效分子有配位體(ligand)和基質(zhì)(substrate)等。
(15)對(duì)蒸餾水透析法(dialysis against water):離子強(qiáng)度弱則蛋白質(zhì)溶解度低,以半透膜裝母液,外浸蒸餾水,鹽類往膜外透出,待膜內(nèi)蛋白質(zhì)溶解度降低,可望長(zhǎng)出單晶。此法相當(dāng)有效,值得首次嘗試。前提是蛋白質(zhì)不得變性(denature),有時(shí)添加少許 [0.02%(w/v)] 的 Sodium azide,或數(shù)滴甲苯(toluene)或氯仿(chloroform)有助防止細(xì)菌的滋長(zhǎng)