多序列比對在分子生物學(xué)中是一個(gè)基本方法，用來發(fā)現(xiàn)特征序列，進(jìn)行蛋白分類，證明序列間的同源性，幫助預(yù)測新序列二級結(jié)構(gòu)與三級結(jié)構(gòu)，確定PCR 引物，以及在分子進(jìn)化分析方面均有很大幫助，Clustal W(Dos版本)很適合這些方面的要求，Clustal X是window版本。

用Clustal比對后的序列，有時(shí)候我們需要轉(zhuǎn)為圖片放在文章作詳細(xì)方析，但大部分人的方法都是直接截圖，這樣的后果就是圖片一點(diǎn)都不美觀。如果你是想要發(fā)表文章或其它比較重要的用途，圖片的質(zhì)量還是需要高一點(diǎn)的。

今天教大家如何把ClustalX的結(jié)果轉(zhuǎn)為漂亮的圖片的方法，你可以根據(jù)需要設(shè)置每一行顯示的字母數(shù)，是黑白的還是彩色的，夠酷吧。先來看個(gè)效果圖吧。

這里需要用到兩個(gè)軟件 ，一個(gè)是Clustal X，這個(gè)就不用說了。這時(shí)相信你已經(jīng)有了clusalX序列比對后的結(jié)果，有兩個(gè)文件，一個(gè)是.aln文件，存放多序列比對的結(jié)果。一個(gè)是.dnd文件，根據(jù)需要，可以轉(zhuǎn)為系統(tǒng)發(fā)育樹圖，這個(gè)就不在今天的教程內(nèi)了，有需要以后可以講，-:)。

現(xiàn)在重點(diǎn)講另一個(gè)軟件 ，DnaMan。DNAMAN美國Lynnon Biosoft公司開發(fā)的高度集成化的分子生物學(xué)應(yīng)用軟件，幾乎可完成所有日常核酸和蛋白質(zhì)序列分析工作，包換多重序列對齊、PCR引物設(shè)計(jì)、限制性酶切分析、蛋白質(zhì)分析、質(zhì)粒繪圖等。可往這里下載：

http://www.pharmnet.com.cn/conf/rjsj /action.cgi?f=page_1_&t=page_1_&id=98227

1，打開DnaMan,依次打開“文件/打開指定的/多重比對”，載入Clustal X比對后的.aln文件

2，點(diǎn)擊options，參數(shù)設(shè)置，在這里，你可以設(shè)置每行顯示的序列，是否顯示一致序列，彩色或黑白等。

3，點(diǎn)擊Output,輸出為圖形文件，這樣子就大功告成了，如果還不滿意，可以在參數(shù)設(shè)置進(jìn)行微調(diào)，直到你滿意為止。這里需要注意，每次輸出圖片都要命名為不同的文件名，好象不會(huì)覆蓋，這個(gè)比較奇怪。深色部分表示完全匹配的堿基，淺色為部分匹配。