1、微生物樣品前期準(zhǔn)備
對于高通量測序的微生物樣品前期一定要注意取樣的及時(shí)性以及低溫性,樣本質(zhì)量是影響實(shí)驗(yàn)結(jié)果的最關(guān)鍵因素,因此用于研究的實(shí)驗(yàn)樣本,在采集、貯存、運(yùn)輸和制備的過程中盡可能地做到迅速,最大限度的縮短從樣本采集到實(shí)驗(yàn)的時(shí)間。且在所取樣本離體后條件允許應(yīng)應(yīng)立即投入液氮中速凍至少1小時(shí),之后保存于-80℃冰箱或者干冰中,確保在實(shí)驗(yàn)操作前樣品始終處于-80℃,以避免DNA/RNA的降解。
2、真菌微生物取樣建議(大型真菌)
A.從菌體上取下生長旺盛的組織,用無菌水沖洗干凈,再使用75%乙醇沖洗,用吸水紙吸干樣品表面;
B.如果組織體積較大,應(yīng)盡量將組織剪切成長寬高均≤0.5cm的小塊;
C.將處理好的組織樣本保存于2mL或更大體積的旋蓋凍存管中或者用準(zhǔn)備好的錫箔紙包裹組織;
D.迅速置于液氮中冷凍1小時(shí),然后轉(zhuǎn)移至-80℃或液氮中長期保存;
E.運(yùn)送方式:將樣品管用封口膜封口,再放置于50mL離心管中或封口袋中,里面添加棉花等固定(切勿在50mL管內(nèi)或其他支撐物內(nèi)加入液氮等危險(xiǎn)品),干冰運(yùn)輸。
3、絲狀真菌取樣建議(平板培養(yǎng))
A.根據(jù)絲狀真菌的生長周期,選取最活躍時(shí)期進(jìn)行菌體收集;
B.無菌操作,將平板內(nèi)真菌菌絲刮取于無菌的離心管內(nèi);
C.取樣后立即將菌體于液氮中冷凍1h,然后轉(zhuǎn)移至-80℃或液氮中長期保存;
D.運(yùn)輸方式:將樣品管用封口膜封口,再放置于50mL離心管中或封口袋中,里面添加棉花等固定(切勿在50mL管內(nèi)或其他支撐物內(nèi)加入液氮等危險(xiǎn)品),干冰運(yùn)輸。
4、細(xì)菌基因組取樣建議
A.顯微鏡下觀察細(xì)菌生長狀態(tài),收集對數(shù)期的細(xì)菌;
B.將適量體積菌液轉(zhuǎn)移至2mL旋蓋尖底離心管中,室溫下14000×離心1min;
C.棄盡培養(yǎng)基,將細(xì)菌沉淀迅速置于液氮中冷凍1小時(shí),然后轉(zhuǎn)移至-80℃或液氮中長期保存;
D.運(yùn)輸方式:將樣品管用封口膜封口,再放置于50mL離心管中或封口袋中,里面添加棉花等固定(切勿在50mL管內(nèi)或其他支撐物內(nèi)加入液氮等危險(xiǎn)品),干冰運(yùn)輸。
5、注意事項(xiàng)劃重點(diǎn)
Tip1:送樣優(yōu)先選擇新鮮采集的樣本;其次才是凍存樣本;
Tip2:用于DNA樣品制備實(shí)驗(yàn)的組織樣品處理及切割過程應(yīng)在冰上盡可能快速進(jìn)行,時(shí)間過長會(huì)導(dǎo)致樣品DNA降解,影響測序結(jié)果;
Tip3:反復(fù)凍融和長期保存的組織有更多的降解風(fēng)險(xiǎn),所以應(yīng)一次性準(zhǔn)備好樣品,避免組織或菌體反復(fù)凍融。