土壤是蔬菜的根系環(huán)境，也是多種病原菌的越冬場所。在正常情況下，土壤中的病原菌和大量的有益微生物保持一定的平衡。棚室栽培的蔬菜種類比較單一，栽培面積有限，輪作倒茬困難，連作不可避免。由于蔬菜根系分泌物和病根殘體在土壤中逐漸積累，使土壤微生物逐漸失去平衡，病原菌數(shù)量不斷增加，誘使病害發(fā)生。棚室土壤比露地土壤受光照少，溫度和濕度較高，病原菌增殖迅速，生產(chǎn)中又缺乏抗病品種，土傳病害隨連作年限增加而加重，如新建棚室發(fā)生瓜類枯萎病后若不及時采取有效防治措施，一般從零星病株到普遍發(fā)病只需4～5年時間。在大型連作溫室中，果菜類根結(jié)線蟲病只需3～4年，病株率就可達100%，減產(chǎn)50%以上，嚴重威脅多種蔬菜生產(chǎn)。

多種病原菌隨病殘體在土壤中越冬，成為翌年的初浸染源，是蔬菜病害發(fā)生流行的重要環(huán)節(jié)。露地環(huán)境條件下病菌死亡率高，在蔬菜生長季節(jié)才能浸染，發(fā)病遲，危害輕，有的病害只在局部地區(qū)季節(jié)性流行。但在棚室栽培條件下，病菌既可安全越冬，又能周年發(fā)生，已成為發(fā)展棚室蔬菜生產(chǎn)的大敵。如瓜類蔬菜炭疽病、細菌性角斑病、蔓枯病，黃瓜、辣椒、韭菜疫病，番茄早疫病、葉霉病，豇豆和菜豆銹病，芹菜斑枯病，多種蔬菜菌核病、草莓灰霉病、草莓白粉病等。此外，引起菜苗猝倒病、立枯病的病菌，既能在土壤中越冬，又能營腐生生活，故常在老育苗地的苗床上嚴重發(fā)生，甚至毀苗，延誤農(nóng)時。

地下害蟲如螻蛄、地老虎等，也因棚室和苗床土壤溫暖、潮濕、疏松肥沃而發(fā)生早、數(shù)量多、危害重。