近幾午，我國主要農(nóng)產(chǎn)品（包括糧、果、菜、肉、蛋、奶等）均有農(nóng)藥、重金屬和亞硝酸鹽等有害物質(zhì)殘留污染超標現(xiàn)象。這種現(xiàn)象不僅增加農(nóng)業(yè)生產(chǎn)成本、降低農(nóng)業(yè)生產(chǎn)效益、嚴重污染和破壞生態(tài)環(huán)境，而且嚴重損害了消費者的合法權(quán)益、威脅消費者的生命安全，以至干嚴重損害了我國農(nóng)產(chǎn)品的國際信譽，直接影響我國優(yōu)勢農(nóng)產(chǎn)品的出口貿(mào)易，制約著外向型農(nóng)業(yè)的發(fā)展。
對此，中國政府就濫施農(nóng)藥和化肥污染主要農(nóng)產(chǎn)品、危害人民健康和影響農(nóng)產(chǎn)品出口等問題給予了高度的重視。《中共中央、國務(wù)院關(guān)于做好2001年農(nóng)業(yè)和農(nóng)村經(jīng)濟工作的意見》中明確提出，要大力推進無公害農(nóng)產(chǎn)品生產(chǎn)安全體系建設(shè)；特別是2000年12月11日，溫家寶副總理在“治理‘菜籃子’污染刻不容緩”信息上明確批示，要求采取多種措施，積極發(fā)展無公害農(nóng)業(yè)，防止農(nóng)產(chǎn)品污染。
近幾年，對農(nóng)產(chǎn)品污染的調(diào)查表明、我國農(nóng)產(chǎn)品化學(xué)污染超標率已相當高、且分布普遍。我國農(nóng)業(yè)環(huán)保系統(tǒng)及一些地方政府開始推行安全食用農(nóng)產(chǎn)品、無公害農(nóng)產(chǎn)品、無污染農(nóng)產(chǎn)品或生態(tài)食品等認證。
在這種背景下，農(nóng)業(yè)部于2001年啟動了“無公言食品行動計劃”，旨在解決人民群眾關(guān)心的食品安全問題、并在北京、天津、上海三個直轄市和深圳市先行試點。該計劃以全面提高農(nóng)產(chǎn)品質(zhì)量安全水平為核心，以“菜籃子”產(chǎn)品為突破口，以市場準入為切入點，從產(chǎn)地和市場兩個環(huán)節(jié)入手，通過對農(nóng)產(chǎn)品實行“從農(nóng)田到餐桌”全過程質(zhì)量安全控制，防止污染物進入食物鏈危害人體健康。
廣義地說無公害食品應(yīng)該包括綠色食品和有機食品。狹義的無公害食品指經(jīng)過有關(guān)部門認證，滿足人們?nèi)粘Ｊ秤冒踩霓r(nóng)產(chǎn)品，不包括綠色食品和有機食品。無公害食品或無公害農(nóng)產(chǎn)品的說法初步被社會認同，無公害食品實際上就是無公害農(nóng)產(chǎn)品，包括各省市根據(jù)自身實際內(nèi)政府推動所發(fā)展起來的“安全食用農(nóng)產(chǎn)品”、“放心菜”、“放心肉”、“無污染農(nóng)產(chǎn)品”等。到2002年底，全國已有28個省（區(qū)、市）政府發(fā)行了《無公害農(nóng)產(chǎn)品管理辦法》或相關(guān)法規(guī)。
為統(tǒng)一今國無公害農(nóng)產(chǎn)品標志、無公害農(nóng)產(chǎn)品產(chǎn)地認定及產(chǎn)品認證程序，農(nóng)業(yè)部和國家認證認可監(jiān)督管理委員會2002年4月29日聯(lián)合發(fā)布第12號令——《無公害農(nóng)產(chǎn)品管理辦法》，國家認證認可監(jiān)督管理委員會2002年11月25日以公告形式發(fā)布了《無公害農(nóng)產(chǎn)品標志管理辦法》。根據(jù)《無公害農(nóng)產(chǎn)品管理辦法》和《無公害農(nóng)產(chǎn)品標志管理辦法》，農(nóng)業(yè)部和國家認證認可監(jiān)督管理委員會共同制定了《無公害農(nóng)產(chǎn)品產(chǎn)地認定程序》和《無公害農(nóng)產(chǎn)品認證程序》，2003年4月7日發(fā)布執(zhí)行。
農(nóng)業(yè)部于2003年4月正式推出了無公害農(nóng)產(chǎn)品國家認證。實施無公害農(nóng)產(chǎn)品認證的產(chǎn)品范圍出農(nóng)業(yè)部、國家認證認可監(jiān)督管理委員會共同確定、調(diào)整。無公害農(nóng)產(chǎn)品是人們對食品安全最基本的需要，是最基本的市場準人條件。國家適時推行強制性無公害農(nóng)產(chǎn)品認證制度。農(nóng)業(yè)部農(nóng)產(chǎn)品質(zhì)量安全中心具體負責(zé)全國無公害農(nóng)產(chǎn)品認證工作。無公害農(nóng)產(chǎn)品的特點是產(chǎn)品標準以食品衛(wèi)生標準為基礎(chǔ)，通過控制農(nóng)業(yè)禁用品的使用，使生產(chǎn)出的農(nóng)產(chǎn)品達到基本安全性要求。
無公害食品標準主要包括尤公害食品行業(yè)標準和農(nóng)產(chǎn)品安全質(zhì)量國家標準，兩者同時頒布。無公害食品標準由農(nóng)業(yè)部制定，是無公害食品認證的主要依據(jù)；農(nóng)產(chǎn)品質(zhì)量安全國家標準出國家質(zhì)量監(jiān)督檢驗檢疫總局制定。無公害農(nóng)產(chǎn)品行業(yè)標準主要參考綠色食品標準的框架而制定，它以全程質(zhì)量控制為核心，主要包括產(chǎn)地環(huán)境質(zhì)量標準、生產(chǎn)技術(shù)標準和產(chǎn)品質(zhì)量標準三個方面。2001年農(nóng)業(yè)部制定發(fā)布了73項無公害農(nóng)產(chǎn)品標準，2002年農(nóng)業(yè)部又制定了126項、修訂了11項無公害農(nóng)產(chǎn)品標準。標準涉及70個農(nóng)產(chǎn)品品種，大多數(shù)為蔬菜水果、茶葉、肉、蛋、奶、魚等關(guān)系城鄉(xiāng)居民日常生活的“菜籃子”產(chǎn)品。