Southern Blot Flow
一 基因組酶切和電泳
在200 μl 微量離心管中加入：
25 μl DNA樣品(約10μg)，
3μl 限制性?xún)?nèi)切酶（MBI，10 U/ μl）
5 μl 相應(yīng)的10×buffer，
補(bǔ)水到50μl。
然后加一滴礦物油覆蓋, 稍微離心后放于37℃水浴8-12小時(shí)。酶切完后，取5μl 酶切DNA樣品于0.8%的瓊脂糖凝膠上檢測(cè)酶是否充分。如果酶切充分，灌制0.8%的agrose膠，加入上樣buffer后，在25—30V穩(wěn)壓電泳12—16hrs。
注意：在southern雜交中對(duì)，DNA的質(zhì)量要求較高，否則酶切不完全導(dǎo)致失敗。
二 轉(zhuǎn)膜
1 用0.2MHCl 脫嘌呤處理，偶爾輕輕振蕩至溴酚藍(lán)完全變成黃色，大約需要15~30分鐘。然后用水漂洗凝膠2~3次，將水倒盡，加入堿變性液，偶爾輕輕振蕩至溴酚藍(lán)完全恢復(fù)到原來(lái)的藍(lán)色（大約需要20~30分鐘）。
注意：此方法對(duì)酶切后目標(biāo)片段大于15kb時(shí)用，如果小于15kb最好不要進(jìn)行脫嘌呤處理，否則容易將片段打斷，導(dǎo)致轉(zhuǎn)膜后結(jié)合不緊密。
2 取一磁盤(pán)架上一洗凈玻璃板，在磁盤(pán)中倒入適量的轉(zhuǎn)膜緩沖液，在玻璃板上架兩層長(zhǎng)濾紙（30cm左右）（注意不要產(chǎn)生氣泡）搭成鹽橋。（濾紙比膠弱寬）依膠大小裁好尼龍膜，寫(xiě)好標(biāo)記，正面向下，緊貼于膠上，防止有氣泡產(chǎn)生，接這壓兩張同樣大小的濾紙，不可過(guò)大以免短路，膠周?chē)肵光片壓條。膠應(yīng)反面朝上因?yàn)镈NA多在膠的底層。堆積吸水紙。上面放一小玻板，板上加一500 g左右的重物。
注意：防止短路
3 轉(zhuǎn)膜16---20hrs后，將尼龍膜取下，膠染色，觀(guān)察轉(zhuǎn)膜效果。將膜用2xSSC浸泡20分鐘，濾紙吸干后放在烘箱中烘2hrs（80℃）。待用。
三 雜交
¨ 雜交爐與雜交管預(yù)熱至65℃
¨ 尼龍膜用2×SSC浸泡
配置雜交液
ssDNA沸水變性10min，冰浴10min，置冰浴備用
Components Volume (ml) Note
ddH2O 20.7
50×Denhardts 0.6
P/H stock 8.1
20% SDS (OR 10% SDS) 0.3 (OR 0.6)
Total 30 ml for 2 blots. 65℃預(yù)熱.
Add prepared ssDNA （10mg/L） ≥0.3 ml
倒入雜交液，加入尼龍膜，65℃預(yù)雜交4~5小時(shí)（新膜）
注意：趕盡膜與膜之間的氣泡后把幾張膜同時(shí)放入雜交管，并用玻棒趕盡膜與管壁之間的氣泡，最后加入雜交液，蓋好管蓋。
四 探針標(biāo)記
（for1~2 blots）
ddH2O 7 ml
Marker 1.5 ml
模板DNA 2 ml (about 100 ng)
沸水變性8min，冰浴10min，瞬時(shí)離心
Add Buffer Primer 7.5 ml
Add dNTPs(-dCTP) 3 ml
Add Klenow (about 1.5U) 1 ml (2U/ml)
瞬時(shí)離心
Add 32p-dCTP 1~2 ml (10~20 uCi per blot)
37℃ 水浴≥4小時(shí)
五 雜交
向標(biāo)記探針的離心管中
Add 等體積TE 25 ml
Add 10×體積變性劑（雜交液） 250 ml
沸水變性10min，冰浴10min，將變性好的探針加入到雜交液中，混勻，65℃雜交過(guò)夜（12~16小時(shí)）。
六 洗膜
1. 2×SSC,0.5%SDS 5min
2. 0.1×SSC,0.1%SDS xmin (RT)
3. 0.1×SSC,0.1%SDS χmin (65℃)
(洗膜過(guò)程中不斷檢測(cè)放射性強(qiáng)度直至200~500)
濾紙吸干洗液，保鮮膜包好，暗室中壓片，根據(jù)放射性強(qiáng)度暴光若干天。
沖洗X光片。
說(shuō)明：
由于做southern的整個(gè)過(guò)程比較復(fù)雜涉及到的試劑也比較多，我這里僅做了個(gè)簡(jiǎn)要的敘述，但基本的實(shí)驗(yàn)過(guò)程已列舉出來(lái)了，此過(guò)程中的試劑可以根據(jù)具體的實(shí)驗(yàn)要求適當(dāng)調(diào)整，如果各位有那里不清楚或者那些部分需要具體的介紹，請(qǐng)與我聯(lián)系，我們共同討論學(xué)習(xí)，另外，做雜交的過(guò)程中一定要注意防止同位素泄漏，做好個(gè)人的防護(hù)工作。
