生活史尚未完全了解的一大類(lèi)真菌。大多只發(fā)現(xiàn)其無(wú)性階段，即其營(yíng)養(yǎng)菌絲和各種無(wú)性孢子，而未見(jiàn)到有性生殖過(guò)程。一旦發(fā)現(xiàn)有性孢子，即歸入相應(yīng)的亞門(mén)。其原因一是有性階段尚未發(fā)現(xiàn)；二是受某種環(huán)境條件的影響，幾乎不能或極少進(jìn)行有性生殖；三是有性生殖階段已退化。因?yàn)橹涣私馄渖钍返囊话�，故統(tǒng)稱為半知菌或不完全菌。營(yíng)養(yǎng)體大多是有隔的分枝菌絲，有些種類(lèi)形成假菌絲。其繁殖方式主要有兩種：（1）生活史中僅有菌絲的生長(zhǎng)和增殖，菌絲常形成菌核、菌索。不產(chǎn)生分生孢子。有的種類(lèi)可形成厚垣孢子。腐生或寄生，是許多植物的病原菌，如立枯病菌。（2）絕大多數(shù)的半知菌都產(chǎn)生分生孢子：在半知菌的有隔菌絲體上形成分化程度不同的分生孢子梗，梗上形成分生孢子。分生孢子梗叢生或散生。叢生的分生孢子�？尚纬墒z和分生孢子座。束絲是一束排列緊密的直立孢子梗，于頂端或側(cè)面產(chǎn)生分生孢子，如稻瘟病菌；分生孢子座由許多聚成墊狀的短梗組成，頂端產(chǎn)生分生孢子，如束梗孢屬。較高級(jí)的半知菌，在分生孢子產(chǎn)生時(shí)形成特化結(jié)構(gòu)，由菌絲體形成盤(pán)狀或球狀的分生孢子盤(pán)或分生孢子器。分生孢子盤(pán)上有成排的短分生孢子梗，頂端產(chǎn)生分生孢子，如刺盤(pán)孢屬；分生孢子器有孔口，其內(nèi)形成分生孢子梗，頂端產(chǎn)生分生孢子。分生孢子盤(pán)（器）生于基質(zhì)的表面或埋于基質(zhì)、子座內(nèi)，外觀上呈黑色小點(diǎn)。
半知菌分類(lèi)以應(yīng)用方便為主，不以親緣關(guān)系為依據(jù)，一般根據(jù)孢子梗和孢子的形態(tài)及產(chǎn)生方式分類(lèi)。許多已發(fā)現(xiàn)有性世代的半知菌，均已分別歸屬，如青霉菌屬、曲霉菌屬及赤霉菌屬已歸入子囊菌亞門(mén)，以下幾屬為仍屬于半知菌亞門(mén)的重要代表。
假絲酵母屬（Candida） 細(xì)胞圓形、卵形或長(zhǎng)形，多邊芽殖形成假菌絲；有的具真菌絲，可形成厚垣孢子，不形成節(jié)孢子。無(wú)子囊孢子。本屬有的可用于生產(chǎn)酵母蛋白，供食用或飼料用，如產(chǎn)朊假絲酵母（C.wtilis），其蛋白質(zhì)及維生素B的含量均高于啤酒酵母，熱帶假絲酵母可氧化烴類(lèi)，以石油為原料可生產(chǎn)酵母蛋白，也可利用工業(yè)廢料。白色假絲酵母（C.albicans），醫(yī)學(xué)上稱白色念珠菌，可引起念珠菌病，為條件致病菌，常見(jiàn)于健康人的口腔及腸道中。
白僵菌屬（Beauveria） 常見(jiàn)的昆蟲(chóng)寄生菌。寄主范圍很廣，主要侵染幼蟲(chóng)，有的也見(jiàn)于成蟲(chóng)。孢子在蟲(chóng)體表萌發(fā)后穿過(guò)體壁進(jìn)入蟲(chóng)體，致使蟲(chóng)體僵死，呈白色茸毛狀至粉末狀。分生孢子梗瓶狀，可多次分叉，孢子球狀或卵狀，在密集的孢子梗上成團(tuán)，形成密實(shí)的孢子頭�？捎糜诜乐嗡擅x(chóng)等農(nóng)林害蟲(chóng)，但也侵染家蠶，造成養(yǎng)蠶業(yè)的重大損失。我國(guó)著名的中藥僵蠶，即為白僵菌寄生致死的家蠶幼蟲(chóng)。白僵菌產(chǎn)生的一種抗生素：卵孢霉素（Oosporin，C14H10O8）是一種抗真菌的抗生素，但對(duì)脊椎動(dòng)物幼體有劇毒，對(duì)小麥、燕麥、豆科植物有明顯藥害。人接觸大量白僵菌孢子，能產(chǎn)生類(lèi)似感冒的短期癥狀。
交鏈孢屬（Alternaria） 菌絲暗褐、灰黑色至黑色。分生孢子梗較短，單生或叢生，大多數(shù)不分枝，與營(yíng)養(yǎng)菌絲幾乎無(wú)區(qū)別。分生孢子呈紡錘狀或倒棒狀，頂端延長(zhǎng)或成喙?fàn)�，多�?xì)胞，有壁磚狀分隔，常數(shù)個(gè)成鏈，一般為褐色。尚未發(fā)現(xiàn)有性世代。是土壤、空氣、工業(yè)材料上常見(jiàn)的腐生菌，有的是栽培植物的寄生菌。某些種可用于甾族化合物轉(zhuǎn)化。