盡管國家稅務總局先后發(fā)布了《關于試點物流企業(yè)有關稅收政策問題的通知》和《關于物流企業(yè)繳納企業(yè)所得稅問題的通知》，在國家政策層面基本上解決了物流企業(yè)在稅收方面遇到的突出問題，但是，作為一個新興的產業(yè)，物流業(yè)涉及面非常廣，再加上各地情況千差萬別，目前不少物流企業(yè)在稅收方面仍然面臨著不少問題。
一是關于物流企業(yè)的認定問題。這是地方稅務部門執(zhí)行物流企業(yè)稅收政策首先遇到的問題。雖然，目前已經有了《物流企業(yè)分類與評估指標》國家標準，但這個標準的認定和執(zhí)行還需要時間。就目前情況看，筆者認為應該以國家發(fā)改委和交通部等九部委的文件為依據(jù)，即物流企業(yè)是指具備或租用必要的運輸工具和倉儲設施，至少具有從事運輸(或運輸代理)和倉儲兩種以上經營范圍，能夠提供運輸、代理、倉儲、裝卸、加工、整理、配送等一體化服務，并具有與自身業(yè)務相適應的信息管理系統(tǒng)，經工商行政管理部門登記注冊，實行獨立核算、自負盈虧、獨立承擔民事責任的經濟組織。符合上述條件的，各級稅務部門就應該認定為物流企業(yè)。
二是關于試點企業(yè)所屬企業(yè)的問題。在各地有一些試點企業(yè)的所屬企業(yè)不能夠享受試點政策。這就需要明確什么是所屬企業(yè)，是全資子公司，還是絕對控股或相對控股的企業(yè)？如何取得所屬企業(yè)的相關證明，需要明確。
三是關于自開票納稅人資格認定的問題。自開票納稅人有自有車輛數(shù)量的規(guī)定，這樣不利于整合社會資源。特別是一些集團型物流企業(yè)，就集團本身來講有足夠的車輛，但具體到某一家下屬公司，因為沒有運輸車輛而不能取得自開票納稅人資格，也就享受不到營業(yè)稅差額納稅的政策。
四是關于非試點物流企業(yè)的問題。國稅發(fā)文后，個別地方作了片面理解，指出“凡不屬于國稅發(fā)〔2005〕208號文件規(guī)定的試點物流企業(yè)名單范圍內的物流企業(yè)開具的貨物運輸發(fā)票，一律不予計算抵扣進項稅額。”其實，早在208號文出臺前，國家稅務總局國稅發(fā)[2004]88號《關于貨物運輸業(yè)若干稅收問題的通知 》就允許，不論物流企業(yè)還是運輸企業(yè)，開具的貨物運輸發(fā)票，都可以計算抵扣進項稅額。208號文是88號文的延伸，并沒有否定88號文，因此非試點物流企業(yè)還應該執(zhí)行88號文的規(guī)定。
五是關于第二批試點企業(yè)的申報問題。第一批試點企業(yè)開始試點后，許多物流企業(yè)紛紛要求納入第二批試點。于今年5月召開的全國現(xiàn)代物流工作部際聯(lián)席會議第二次會議，在《紀要》的附件中提出，國家稅務總局牽頭會同國家發(fā)改委、財政部繼續(xù)落實《關于試點物流企業(yè)有關稅收政策問題的通知》，在總結前期物流企業(yè)試點基礎上，積極穩(wěn)妥地推進現(xiàn)代物流企業(yè)試點工作。
六是關于整合個體戶車輛的發(fā)票抵扣問題。有試點企業(yè)反映，他們在實際操作中由于整合利用了個體戶的車輛，沒有原始發(fā)票可以抵扣，還是不能享受試點政策。類似這樣的問題，應該尋求一個解決的辦法。
七是關于倉儲業(yè)發(fā)票稅率偏高和不能抵扣增值稅的問題。倉儲及其他物流服務業(yè)不僅稅率高于運輸業(yè)，而且還不能抵扣進項稅額，這樣不利于一體化物流業(yè)務的開展，也給管理上帶來了一定的困難。
八是關于倉庫租金能否抵扣的問題。國稅208號文有這樣的規(guī)定：“試點企業(yè)將承攬的倉儲業(yè)務分給其他單位并由其統(tǒng)一收取價款的，應該以企業(yè)取得的全部收入減去付給其他倉儲合作方的倉儲費后的余額為營業(yè)額計算征收營業(yè)稅。”有試點企業(yè)提出，他們取得的倉儲業(yè)務收入約60%要支付倉庫的租金，而這一塊希望納入抵扣范圍。
九是關于所得稅屬地繳納的問題。雖然國稅函[2006]270號文中已經說明，符合條件的物流企業(yè)可以統(tǒng)一繳納所得稅，但由于體制的限制，許多企業(yè)還不能夠享受這項政策。有的企業(yè)甚至每開一個分支機構，當?shù)囟紩笾匦碌怯涀裕讯悇贞P系留在當?shù)�，這樣很不利于網(wǎng)絡型物流企業(yè)的發(fā)展。
十是關于減輕稅負和涵養(yǎng)稅源的關系。由于各地情況不同，物流企業(yè)實際稅負有比較大的差異。我們不僅要關注名義稅率，更要努力做到物流企業(yè)的實際稅負大體平衡。從總體上來看，解決物流企業(yè)重復納稅的問題，減輕物流企業(yè)的稅務負擔，不僅有利于物流企業(yè)的發(fā)展，有利于社會資源的整合，也有利于從整體上擴大稅基，涵養(yǎng)稅源。