由于HPLC系統(tǒng)中氣泡的存在，會造成色譜圖上出現(xiàn)尖銳的噪聲峰，嚴(yán)重時會造成分析靈敏度下降；氣泡變大進(jìn)入流路或色譜柱時會使流動相的流速變慢或不穩(wěn)定，使基線起伏。造成上述現(xiàn)象的主要原因有三條：一是流動相溶液中往往因溶解有氧氣或混入了空氣而形成氣泡；二是系統(tǒng)開始工作時未能將流路中的空氣驅(qū)趕干凈；三是在注入樣品時不注意混入了空氣。

為了避免這類問題的出現(xiàn)，HPLC實際分析過程中必須重視對流動相進(jìn)行脫氣處理；在HPLC系統(tǒng)開始工作前，可以用注射器連接恒流泵的排空閥，抽入流動相，將流路中的空氣驅(qū)趕干凈；在注入樣品前注意排出樣品注射器中的空氣。

在操作HPLC時，色譜柱是在室溫環(huán)境下工作的。大多數(shù)的工作環(huán)境溫度是不斷變化的，溫度的差別就會引起較復(fù)雜的問題。溫度的影響在所有的色譜分析方式中都是存在的，HPLC方法中的洗脫方式受溫度的影響。

等度洗脫時溫度會影響保留時間，當(dāng)溫度升高時所有的色譜峰都前移了，等度洗脫時一般溫度每升高１℃，保留時間會縮短(1~3)％。溫度變化對梯度洗脫和等度洗脫的影響趨勢是一樣的。溫度變化對梯度洗脫的影響要小于對等度洗脫的影響。即便如此，若梯度洗脫時不控制溫度的話，保留值一般也會有較大的變化。溫度變化還可能引起選擇性顯著變化。

正如柱子不能完全平衡將導(dǎo)致保留時間的重現(xiàn)性差一樣，柱溫不平衡也會導(dǎo)致不理想的后果，這個問題在峰寬上的影響尤其明顯。當(dāng)溫度變化時除了選擇性和保留時間的變化之外，峰寬也會發(fā)生變化。升高溫度通常會使理論塔板數(shù)升高，峰寬變窄，由于峰面積不變，峰越窄就會越高，因此升高溫度可以達(dá)到更小的檢測限。

柱子里的溫度變化也會影響峰形。當(dāng)流動相和柱子之間的溫差增大時，由溫度不平衡而導(dǎo)致的峰變形就會加劇。 

為了獲得一致的結(jié)果我們必須要控制柱溫，使用柱溫箱是最好的辦法。如果沒有柱溫箱，最有效的辦法就是將色譜柱隔絕在一個溫度波動最小的地方。

色譜柱污染會引起保留時間漂移。HPLC色譜柱是非常有效的吸附性過濾器，它可以過濾并吸附流動相攜帶的任何物質(zhì)。污染源可能是：流動相本身，流動相容器，連接管、泵、進(jìn)樣器和儀器密封墊，以及樣品等。

樣品中如果存在色譜柱上保留很強的組分，就可能使保留時間漂移。通常樣品中的強保留組分具有較高的分子量，在此情況下，保留時間漂移的同時或其后會有反壓的增加。可以通過使用固相提取等樣品前處理方法來去除樣品基質(zhì)的影響。

避免色譜柱污染最簡單的方法是防患于未然。相比之下，找到問題的所在并設(shè)計有效的清洗步驟以去除污染物要困難的多。通常使用在給定色譜條件下的強溶劑，但并非所有污染物都可以在流動相中溶解。

使用保護(hù)柱是個非常有效的方法。反沖色譜柱僅是不得已時采用的辦法。

如果我們觀察到保留時間漂移，首先應(yīng)考慮色譜柱是否已用流動相完全平衡。通常平衡需要10~20個柱體積的流動相。但如果在流動相中加入少量添加劑則需要相當(dāng)長的時間來平衡色譜柱。需要柱子的充分平衡，然后才能對HPLC進(jìn)行檢定。

HPLC分析總要求使用HPLC純的試劑，關(guān)鍵是兩點：純度高、紫外吸收小。純度高，是希望沒有雜質(zhì)干擾HPLC分析；不會有金屬離子損害純度為99.99%以上的高純度硅膠基質(zhì)。可以通過重蒸分析純?nèi)軇�；或濾膜過濾，并定期把前置的過濾頭取下，放稀硝酸里清洗，再用純水洗至中性。

流動相有機溶劑可能影響HPLC的檢測限。

柱壓過高是HPLC分析中常碰到的問題。其原因有多方面，而且常常并不是柱子本身的問題。溶劑或樣品含有顆粒雜質(zhì)，這些雜質(zhì)將篩板堵塞引起壓力上升，應(yīng)更換柱子入口篩板；泵內(nèi)有空氣，解決的辦法是清除泵內(nèi)空氣，對溶劑進(jìn)行脫氣處理；比例閥失效，應(yīng)更換比例閥；泵密封墊損壞，應(yīng)更換密封墊；系統(tǒng)檢漏，則找出漏點，密封即可。

HPLC分析中，在色譜柱正常，樣品靈敏度足夠，分析方法合適，色譜峰在出峰時間較短的條件下，峰形應(yīng)對稱而尖銳。充分考慮到可能影響分析結(jié)果的因素，可以科學(xué)地進(jìn)行液相色譜儀的檢定。